天然產物中的成分復雜，有的達到幾十種甚至上百種，因此對其化學成分的分離純化一直以來就是一項很艱巨的工作。可是由于傳統的方法不僅步驟繁瑣，有機溶劑也消耗過大，而且最終的產率及純度都很低，所以需要采用一種新型的分離與純化方法，高效液相色譜法（HPLC）正可以解決這一問題。并且據統計，80%的天然藥物宜采用高效液相色譜分析。
生物堿是生物體內一類除蛋白質、肽類、氨基酸及維生素B 以外的含氮有機化合物，它們結構復雜且大多有明顯的生物活性或毒性，是中草藥重要的有效成分。
在生物堿分離制備中，反相制備是制備型高效液相色譜應用很普遍的方法。根據樣品的不同其流動相有很大差異，目前紫杉醇的制備是高效液相中比較成熟的應用。
黃酮類化合物是由兩個苯環通過三碳鏈相互連接而成的，具有C6–C3–C6 15個碳原子基本骨架的一類物質，其廣泛分布于各種藥用植物中，尤其是花、葉部位，約20％的中草藥中都含有黃酮類化合物，資源豐富。目前已知的具有生物活性的黃酮類化合物有很多，其活性主要包括抗心血管疾病、抗腫瘤、抗氧化、抗病毒等。
結合制備型高效液相色譜儀進行純化羅布麻花的總黃酮提取物，通過優化流速、樣品進樣量、洗脫梯度的變化，一次可從羅布麻花中制備分離得到9個黃酮類化合物，純度均超過90%。該分離技術給天然產物黃酮類的分離、純化提供了一種直接有效的方法。
萜類化合物是由異戊二烯或異戊烷以各種方式連接而成的天然化合物，具有祛痰、止咳、鎮痛等生理活性。
利用高效液相色譜儀從莢果蕨中分離出9 種高純度的倍半萜類單體化合物，利用高效液相色譜儀，分別對豆莢軟珊瑚中二萜類成分進行研究，制備得到6 種半萜類化合物，這些研究都發展了分離純化生物萜類化合物的分離方法，豐富了萜類化合物的化學成分。
甾體類化合物是基本母核為環戊稠多氫化菲的一類天然化合物，其在維持生命、調節性功能、治療皮膚疾病及控制生育等方面具有重要的生理、藥理作用。
利用半制備高效液相色譜儀、硅膠柱色譜和色譜柱，對緋紅南五味子莖的化學成分進行研究，可以分離制備出10個甾體化合物。
皂苷是苷元為三萜或螺旋甾烷類化合物的一類結構復雜的苷類化合物，一些皂苷類成分有明顯的藥理作用。
高效液相色譜法能直接對刺身中各皂苷成分進行快速分析，能克服由于皂苷類物質分子內有寡糖鏈存在、結構復雜且極性大、難揮發、含量低、沒有紫外吸收等特點造成的分析鑒別困難。
其他比如香豆素、木脂素、蒽醌類化合物也都可以利用半制備高效液相色譜分離得到純化。
總結
從植物、動物、微生物等天然材料中發現結構新穎且具有藥理活性的天然產物并進一步開發成新藥，是人類預防和治療疾病的重要渠道，也是國際天然產物領域關注的研究方向。天然物的組分非常復雜，如中草藥中各組分含量多少對藥劑作用影響很大。采用高效、高分辨、多功能的分離技術是開展天然產物研究的關鍵環節之一。近十幾年來，制備型高效液相色譜法（HPLC）是天然產物化學研究中應用很普遍、最有效和相關技術發展很快的分離純化方法，在藥物研究領域具有不可替代的地位。
展望
采用HPLC不僅能從天然產物中分離得到高純度的化合物單體，而且產率高，速度快，操作簡便，便于收集。但是由于天然產物種類豐富，用HPLC進行提取分離在條件或工藝上還有很多需要摸索和改進。由于天然產物分離純化的核心目標是從天然生物資源中獲取具有生物功能或活性的天然產物，因此建立高效液相色譜分離純化天然產物的技術集成和樣品庫，是今后利用高效液相色譜分離純化研究的發展趨勢。作為一種高效的分離純化技術，HPLC在天然產物分離中具有很廣闊的發展與應用前景。
