在離子色譜儀對于飲用水所含離子檢測的實驗過程中，為了防止形成氣泡，淋洗液需要經過在線脫氣裝置對其進行脫氣，對待測水體配置出一系列的標準物質的工作液，并控制相應的工作液的濃度。具體的操作：
首先使用離子水注射器并將針頭清洗干凈，將盛放離子水的瓶對水樣進樣口進行多次的清洗，而后離子進樣吸入到離子色譜儀中，使用注射器依次吸取2ml左右的待測離子水-淋洗液-樣品注入定量環境清洗液等重復3次，而后再次注入樣品，將離子色譜儀的狀態轉入“分析”狀態，狀態轉移過程要迅速，離子色譜儀將自動對吸入到離子色譜儀中的待測水樣進行分析，并采集譜圖。
待到待測水樣的出峰完畢后，停止離子色譜儀，將分析數據保存，并保存譜圖，盡量采用峰面積來對陰離子進行定量，其中可以采用單點法或是曲線法來對峰面積進行計算。在使用SHODEX柱完成對于陰離子數值的分析后，繼續通淋洗液并持續5分鐘以上后停止運作，而后關閉離子色譜儀。
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