流動注射分析儀但與4-氨基安替比林萃取分光光度法比較，雖然仍存在以下幾個問題：
- 硬件成本較高，且流動注射分析儀儀器設(shè)備需要定期維護和保養(yǎng)，需要定期清洗儀器管路、檢查泵管。
- 流動注射分析儀雖靈敏，還應(yīng)注意樣品，如采集樣品渾濁，檢測前需離心或用0.45 μm濾膜過濾，以免堵塞傳輸管線或影響檢測結(jié)果。
但是，近年來，隨著社會發(fā)展，為了適應(yīng)新形式下的檢測需求，
流動注射分析儀具有高靈敏度、高選擇性的優(yōu)點，不僅檢測效率高，還能與原子吸收、原子熒光等儀器聯(lián)用，使該方法具有更加靈活的選擇性和應(yīng)用性，逐漸成為水質(zhì)檢測的常規(guī)方法。
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