高效液相色譜儀樣品在進樣前必須經過適當的預先處理，需要經過亞微米濾膜的過濾或者離心，防止樣品中的微小顆粒堵塞管路，最好使用流動相作為溶劑配制樣品，所用溶劑應該對樣品有較好的溶解性。

針座是喇叭口朝上暴露在空氣中的，有時空氣中的較大灰塵顆粒可能恰好落在針座的流路內而引起針座的堵塞。這時候可以嘗試卸下針座，將它接在泵的出口上反沖，一般能解決問題。

如果經常使用緩沖溶液，高效液相色譜儀除了泵頭之外，ALS計量泵的柱塞及密封圈，六通閥的轉子密封圈和定子密封圈應該定期清洗，防止有鹽的顆粒磨損ALS一定要使用配套兼容的樣品瓶及瓶蓋；使用不兼容的或者加工精度差的樣品瓶及瓶蓋會引起ALS故障率的增加及性能的降低。

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