在運用多元液相色譜儀時的一種不良運用習氣容易造成活動相剛開始沒有長菌，在運用時卻產生了細菌污染。

舉一個例子：50％的甲醇水活動相，有兩種運用方式。一種方式是在液相色譜儀上機前就配好混合在一同，另一種方式是在流路A放純甲醇，流路B放純水。后一種有明顯的優點簡單，而且不需求實驗者另個計算配比混合，其次就是比例精確，能得到保存時間反復性極好的實驗效果。

但是，后一種方式有一個致命的缺陷是純水在活動相瓶中幾天時間就會長細菌（很多狀況下不只僅用純水作活動相，而是用緩沖鹽溶液，自身就是優質肥料，細菌長得更疾速），一旦有細菌柱子就壞得很快。

所以這種方式最好是每次實驗都用新制備的純水，并且在每次實驗后把水相換掉，換成甲醇沖洗潔凈。

但是由于液相色譜儀柱子的梗塞是不可逆的，所以，還是比較推薦第一種方式，寧可犧牲較小的保留時間重復性，也不要用純水溶液作為流動相的一組。

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