1.高壓:高效液相色譜儀以液體為流動相(稱為載液)，液體流經色譜柱，受到阻力較大，為了迅速地通過色譜柱，必須對載液施加高壓。一般可達150~ 350x 105Pa。
2.高速:高效液相色譜儀流動相在柱內的流速較經典色譜快得多，一般可達1~10m/min。高效液相色譜儀所需的分析時間較之經典液相色譜法少得多，一般少于1h。
3. 高效:近來研究出許多新型固定相，使高效液相色譜儀分離效率大大提高。
4.高靈敏度:高效液相色譜儀已廣泛采用高靈敏度的檢測器，進一步提高了分析的靈敏度。如熒光檢測器靈敏度可達10-11g。另外，用樣量小，一般幾個微升。
5.適應范圍寬:氣相色譜法與高效液相色譜儀的比較:氣相色譜法雖具有分離能力好，靈敏度高，分析速度快，操作方便等優點，但是受技術條件的限制，沸點太高的物質或熱穩定性差的物質都難于應用氣相色譜法進行分析。而高效液相色譜儀，只要求試樣能制成溶液，而不需要氣化，因此不受試樣揮發性的限制。對于高沸點、熱穩定性差、相對分子量大(大于400以上)的有機物(這些物質幾乎占有機物總數的75%~ 80%)原則上都可應用高效液相色譜儀來進行分離、分析。據統計，在已知化合物中，能用氣相色譜分析的約占20%，而能用液相色譜儀分析的約占70~80%。
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