離子色譜儀技術是水質監測中的應用日趨成熟，成為水質監測中最為常見的一種應用技術。在選擇應用離子色譜儀技術監測水質時，應注意離子色譜儀的使用，提升設備的使用壽命和使用效率。
(一)保持溫度穩定
在開展水質水樣監測時，若溫度不穩定，上下波動時，會導致色譜柱壓力發生波動變化，最終會導致離子色譜儀基線不穩、保留時間偏移，監測結果達不到預期的重復性。因此，需要在正式監測前要合理的控制好溫度，并保持這種溫度的穩定性，具體辦法有:將分析監測的儀器設備放置在空調邊或者窗口前，必要時安裝相應的柱溫箱，在水樣取樣后再放置片刻，以確保離子色譜儀柱溫與樣品溫度一致時再選擇進樣。(二)水樣過濾
在監測樣品水樣水質之前，應選擇0.45μm濾膜對待測水樣進行相應的抽濾，以防止水樣中的細顆粒物在后期離子色譜儀使用時堵塞設備的管路，影響監測效果和設備使用壽命。
(三)水樣稀釋
利用離子色譜儀技術監測分析組分復雜水樣的，待測水樣中的離子對樹脂親和力有較大差距，這時需要將各種濃度的淋洗液進行反復進樣。其中，陰離子的分析進樣量最大柱容為30%。當待測水樣水質濃度過高的，還需對待測水樣水質進行進一步的稀釋，避免出現因待測水樣水質濃度含量過高而出現色譜峰拖尾且寬。
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