3. 分析樣品選擇性
氣相色譜儀：相對分子質量較?。ㄒ话阈∮?000），低沸點（一般小于500℃），易揮發，熱穩定性。
液相色譜儀：更適用于分析高沸點，難揮發,熱穩定性差，分子質量較大（1000 - -2000）的液體化合物。
據統計，氣相色譜能分析的有機物只占全部有機物的15%-20%，其可分析樣品的范圍小于液相色譜儀，但隨著近幾年技術的更新，如頂空進樣和裂解進樣等，進一步擴大了氣相色譜的分析范圍。4. 檢測器差異
氣相色譜儀：氫火焰離子化檢測器（FID），熱導檢測器（TCD），電子捕獲檢測器（ECD），火焰光度檢測器（FPD），氮磷檢測器（NPD）。
液相色譜儀：紫外檢測器，熒光檢測器，示差折光檢測器。
5. 其他方面
氣相色譜儀：需要將樣品在氣化室氣化，需要較高的檢測溫度，采用尖頭進樣針。
液相色譜儀：不必對樣品氣化，常溫即可檢測，采用平頭進樣針。
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