高效液相色譜儀色譜柱平衡
 
如果我們觀察到保留時間漂移，首先應考慮高效液相色譜儀色譜柱是否已用流動相完全平衡。通常高效液相色譜儀色譜柱平衡需要10~20個柱體積的流動相。但如果在流動相中加入少量添加劑則需要相當長的時間來平衡色譜柱。需要柱子的充分平衡,然后才能對高效液相色譜儀進行檢定。 
流動相有機溶劑
 
高效液相色譜儀分析總要求使用高效液相色譜儀純的試劑,關鍵是兩點:純度高、紫外吸收小。純度高,是希望沒有雜質干擾高效液相色譜儀HPLC分析;不會有金屬離子損害純度為99.99%以上的高純度硅膠基質。可以通過重蒸分析純溶劑;或濾膜過濾,并定期把前珞的過濾頭取下，放稀硝酸里清洗,再用純水洗至中性。
流動相有機溶劑可能影響高效液相色譜儀的檢測限。

柱壓

柱壓過高是高效液相色譜儀分析中常碰到的問題。其原因有多方面，而且常常并不是柱子本身的問題。溶劑或樣品含有顆粒雜質,這些雜質將篩板堵塞引起壓力上升，應更換柱子入口篩板;泵內有空氣,解決.的辦法是清除泵內空氣，對溶劑進行脫氣處理;比例閥失效，應更換比例閥;泵密封墊損壞，應更換密封墊;系統檢漏，則找出漏點，密封即可。
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