盡管離子色譜儀高效且靈敏，但其進樣系統應為均相水溶液，這是因為可以提高分離度，并且能夠與被測離子發生強烈反應，一般對于工業廢水等這種含有多種離子和復雜的化合物，或者是由于在樣品中取得的待測物的含量低的這種情況，在進行離子色譜儀監測時應該提前對待測物樣品進行處理。( 1) 離子色譜儀樣品的預處理四種方法之進行膜處理。環境檢測過程中，由于含有很多干擾離子，所以在進行檢測之前需要對樣品進行處理，實驗中最簡單最常用的方法是采用膜處理，一般使用的濾膜是0．45μm，這樣才能夠達到將樣品中的一些干擾性的不溶物質進行隔離，避免對實驗結果造成影響，一些離子色譜儀本身就帶有膜處理的功能，則也可以在線對其進行處理。
( 2) 離子色譜儀樣品的預處理四種方法之固相萃取。在水樣中有機污染物和干擾離子進行處理的過程中，為了達到濃縮污染物的目的最常用的方法是固相萃取法，可以有效地消除雜質的干擾，而且這種方法具有重復使用、方便快捷等特點。
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