對于高效液相色譜儀液體分離色譜系統發生故障，主要可以采取四種有效的故障處理方法和預防措施：
(1) 控制高效液相色譜儀色譜柱pH 值，允許的數值適用范圍中合理設置控制色譜流動柱的pH 數值。
(2) 我們在分析多種色譜純水性試劑與超純水實驗時，應該多次進行實驗并對樣品進行過濾，利用0.45μm 厚的濾膜過濾進行操作，高效液相色譜儀流動柱存在的問題會造成色譜柱溫度升高，會造成樣品色譜峰的波形變寬。(3) 使用在線色譜過濾器或者是在線保護柱即預柱，由于使用后無法將白色固體粒狀顆粒中的物質全部進行消除，且一旦將這些白色固體粒狀顆粒物質帶入樣品到高效液相色譜儀色譜柱，就會直接導致柱效的下降，或導致柱效的電壓發生明顯的變化，并用分段法排查堵塞。
(4) 應該對高效液相色譜儀液相色譜儀色譜柱使用的溶劑要進行多次沖洗工作，每次在使用高效液相色譜儀之后，要利用高度過渡的鹽流動再次沖洗整個色譜柱，再次使用具有緩沖性的鹽沖洗，然后再次利用過度的鹽流，最后使用硫酸甲醇等物質進行溶劑清洗，有效的保存液相色譜柱，其中反向沖洗色譜柱流量不能過大，否則會沖走色譜柱的填料從而造成柱效降低。
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