離子色譜在檢測陰陽離子方面成績顯著，因此許多實驗室都配有離子色譜儀。

離子色譜儀分析過程由進樣（樣品環進樣）、分離（離子交換柱分離）、抑制（抑制器）、檢測系統和數據系統五部分組成。
基本操作步驟

1、開機前的準備：打開實驗室空調，根據樣品的檢測條件和色譜柱的條件配置所需淋洗液和再生液。
2、開機：a.依次打開打印機、計算機進入操作系統；b.打開氮氣鋼瓶總閥，調節鋼瓶減壓閥分壓表指針為0.2MPa左右，再調節色譜主機上的減壓表指針為5psi左右，確認離子色譜儀與及計算機數據線連接正常,打開離子色譜主機電源；c.點擊開始、程序、Chromeleon、sever monitor、雙擊桌面上工作站程序、雙擊安裝目錄下離子色譜操作控制面板；d.操作控制面板打開后選中connected使軟件與離子色譜儀聯動起來，打開泵頭廢液閥排除泵和管路里的氣泡，關閉泵頭廢液閥，開泵啟動儀器，查看基線，待基線穩定后方可進樣分析。

3、樣品分析：建立程序文件；建立方法文件；建立樣品表文件；加樣品到自動進樣器或手動進樣；啟動樣品表；若是手動進樣，按系統提示逐個進樣分析。

4、數據處理：建立標準曲線；打印標準曲線；打印待測樣品分析報告

5、關機：關閉泵，關閉操作軟件；關閉離子色譜主機電源；關閉氮氣鋼瓶總閥并將減壓表卸壓；關閉計算機、顯示器和打印機電源.

離子色譜儀維護注意事項

離子色譜儀維護主要就是幾大部件的維護，以下將按照流路順序為大家介紹下各部件的維護注意事項：
1、濾頭：流動相起始部位，長期置于超純水中，保持濕潤狀態，但是水是容易變質的，所以要經常換水，以免生出藻類和菌類堵塞濾頭，造成系統壓力升高，或者會吸入泵頭內造成單向閥的污染，引起壓力不穩，流速不定。

2、恒流泵：每天做完實驗對泵頭進行清洗和后沖洗是很重要的，泵頭內比較重要的部件就是單向閥，寶石桿，高壓密封圈，一般出問題的地方也是這幾個地方，使用堿性試劑很容易結晶，容易劃傷這些部位，所以要保證完整充分的清洗。如果長期不使用儀器，也要定期進行清洗工作。
3、進樣閥：進樣閥如果污染了會很容易造成堵塞和一些莫名其妙的問題，所以每次做完實驗最好是對進樣閥進行一些清洗工作，避免殘留和污染，清洗完后想辦法蓋上進樣口，防止灰塵污染。
4、色譜柱：色譜柱在淋洗液的環境中密封保存就可以了，盡量避免用水去沖洗，因為色譜柱在酸性或者堿性條件下更容易抑制細菌的生長，而且更接近于使用環境，如果純水保存很容易變質，另外色譜柱最難承受有機物和重金屬的干擾，進樣品盡量避免此兩種物質進入。如果長時間不使用色譜柱，也要定期使用淋洗液進行清洗，防止內部干燥和細菌生長。
5、抑制器：抑制器最重要的是內部要保持濕潤，所以如果長期不使用一定要定期進行沖洗，沖洗完畢后將幾個與大氣相同的端口封閉保存。另外如果沒有液體經過抑制器時，絕對不能開電流，否則內部的交換膜會被電解干裂，造成損壞。

6、電導檢測器：也是定期沖洗，如果你一段時間不使用儀器，你可能會看到電導值居高不下，就是因為抑制器內或者電導池內的水變質引起的，多沖洗一下就會降下來，但是也說明了維護不夠，最好是定期通水維護為好。